En 2000, Año Internacional de la Cultura de Paz promovido por Naciones Unidas, Bakeaz creó la Escuela de paz de Bakeaz.
La Escuela de paz de Bakeaz surgió en un entorno concreto, el del País Vasco, en el que la cultura de paz debía atender a problemas específicos de enorme gravedad derivados de las diversas manifestaciones de la violencia terrorista y de sus efectos en todos los ámbitos de la sociedad vasca. Este contexto requería de una intensa labor de defensa activa de los derechos humanos desde todas las esferas sociales y, por lo tanto, también desde el ámbito educativo.
La Escuela de paz de Bakeaz estaba en permanente interrelación con la comunidad educativa, a la cual se dirigía prioritariamente, pendiente de sus problemas, sus demandas y sus sugerencias, para poder ofrecer alternativas creativas y útiles a los desafíos de la educación para la paz.
Escuela de Paz era una publicación monográfica, no periódica, que abordaba las diferentes dimensiones del complejo concepto de paz y cultura de paz. Tenía como objetivo educar en una cultura de paz fundada en la promoción de los derechos humanos y de las libertades fundamentales, del desarrollo sostenible, de una ciudadanía democrática y cosmopolita, y de una ética cívica basada en la tolerancia y la solidaridad intercultural. Todos los estudios están elaborados por expertos en educación para la paz y los derechos humanos, o en educación para el desarrollo.